A ultrassonografia transvaginal também é importante para diagnosticar cistos patológicos nos ovários, assim como, os cistos da endometriose ovariana (endometrioma) que também interferem na ovulação levando a infertilidade e na perda da reserva ovariana levando maiores dificuldades de engravidar até mesmo nos ciclos de fertilização In Vitro.

Os casos de infertilidade por fator tubário também podem ser diagnosticados com o auxílio da ultrassonografia. A função principal das tubas é permitir o trânsito de gametas que resulta na fecundação. Se essas estruturas estão obstruídas, o encontro entre óvulo e espermatozoide pode não acontecer. Além disso, a mulher tem mais chance de desenvolver uma gestação tubária, que pode danificar ainda mais essas estruturas e é potencialmente perigosa.
A distorção da anatomia desta estrutura como a hidrossalpinge (tuba cheia de água) ou hematossalpinge (tuba cheia de sangue) podem comprometer sua funcionalidade.

Os casos de infertilidade por fator peritoneal também podem ser diagnosticados com o auxílio da ultrassonografia. A contaminação por DSTs (doenças sexualmente transmissíveis) pode gerar aderências que podem oferecer obstáculos no trânsito tubário, mesmo após o tratamento. Nesses casos, a ultrassom transvaginal também consegue suspeitar com muita precisão essas alterações aderenciais na pelve da mulher.

Outro importante papel da ultrassom transvaginal é na infertilidade por fator uterino, comumente causada pela presença de miomas uterinos, pólipos endometriais, sinéquias e adenomiose. Estas patologias estão relacionadas além do fator mecânica, mas principalmente a problemas com a receptividade endometrial, período mais favorável para o embrião implantar. Nesses casos, a mulher pode apresentar perda gestacional por falha na implantação e abortamento de repetição.

Outro papel fundamental da ultrassonografia transvaginal na infertilidade é no controle da ovulação nos casos de indução da ovulação para coito programado e inseminação artificial e nos casos de estimulação ovariana nos ciclos de fertilização In Vitro.

2-Ultrassonografia na investigação da infertilidade masculina:

Ultrassonografia testicular com Doppler para varicocele. A varicocele é uma doença genética em que estruturas que irrigam o cordão espermático são defeituosas resultando em acúmulo de sangue, aumento de temperatura e pressão no interior da bolsa escrotal, que armazena os testículos, prejudicando severamente a espermatogênese.

Papel da ultrassom nas obstruções. A infertilidade masculina normalmente ocorre por problemas na espermatogênese, processo de formação dos espermatozoides nos testículos, ou por obstruções no trajeto percorrido durante a ejaculação, que impedem os espermatozoides de atingir percorrer o caminho até a saída por meio do sêmen. As obstruções e alterações na espermatogênese podem levar a quadros de azoospermia obstrutiva e não obstrutiva, oligozoospermia e outras alterações nos parâmetros seminais, como astenozoospermia e teratozoospermia, problemas na motilidade espermática e na morfologia dos espermatozoides, respectivamente.